连作指的是在同一个地块连续多年种植同一种或同一科作物。连作障碍指的是在正常栽培和管理条件下，由于连作所引起的产量下降、品质变劣、病虫害滋生、生育状况变差等现象，连作障碍在保护地蔬菜栽培上最为常见，也最难克制。引起连作障碍的原因是多方面的，但归根结底还是由于作物和土壤两个系统内部诸多因素综合作用的表现。
　　产生连作障碍的四大原因
　　作物自毒作用  某些作物可通过地上部淋溶、根系分泌和作物残茬腐解等途径释放一些物质，对同茬或下茬同种或同科作物生长发育产生抑制作用，这种现象叫自毒作用。多年连作，势必引起的自毒作用越来越明显，连作障碍就会出现，连作时间越长，障碍越严重。
　　土壤有益微生物减少、有害微生物增加  由于连作，形成了特殊的土壤环境，使固氮菌、根瘤菌、光合菌、放线菌、硝化细菌、氨化细菌、菌根真菌等有益微生物的生长繁殖受到抑制，而有害微生物大量滋生，土壤的微生物区系发生变化。特别是保护地蔬菜和复种指数最高，一年四季不歇地，病虫害源不断积累，导致土传病害发生较重，而且发现很多新的病源菌导致的病害发生，形成了近年来的“用药不治病”的现象。
　　土壤性质变坏，次生盐渍化及土壤酸化严重  在片面地追求高产的诱惑下，农民朋友近年来大量地施入高含量的化学肥料和未经腐熟的动物粪便、人粪尿等，导致土壤中盐分过量。由于这些盐分不能被充分淋溶，所以大量积聚在土壤耕层中，就产生了土壤次生盐渍化及酸化，从而降低了pH值，影响了土壤养分的有效性，引发生理性病害，这种现象在保护地尤其常见。

    线虫危害  线虫是作物寄生虫，主要破坏作物的根系，影响其正常生长，而且防治难度大。在特定情况下，连作会引起线虫的大发生，如保护地蔬菜，由于多年连作线虫虫口密度过大，导致毁棚；大姜产区，连作几年后就会因为线虫而引起严重的姜癞病。
　　农作物连作障碍的防治
　　施肥  测土配方，平衡施肥，调节营养，以有机肥为主，有机肥和无机肥相结合。

　　管理  轮作间作，优种嫁接。如西瓜用南瓜砧木嫁接，预防线虫和土传病害。
　　栽培  土壤消毒，药治菌补。针对连作引起的土传病害和线虫，可用杀菌剂和杀线剂进行土壤消毒和处理，但是考虑到有益微生物同时也被杀灭，必须在土壤处理后增施一定的生物菌肥。