辣椒烂果是多种病害的共同症状，但病源不同，症状各异，防治方法也不一样。
　　一、软腐病引起的烂果：初呈水渍状暗绿色斑，全果软腐，恶臭。发病规律：1.细菌性病害，病菌随病残体在土壤中越冬，随水流在田间传播。2.病菌继续通过蛀果害虫继续传播，由果实伤口侵入。
　　防治方法：着重加强田间管理，如高垄种植、防止漫灌、清除病残体、防治介体昆虫、减少机械伤和冻伤等。及时喷洒有效农药杀菌剂和植物生长调节剂，同时也要加强窖藏期管理。种植抗病品种也是有效的防治途径。
　　二、疫病引起的烂果：果实染病始于蒂部，初生暗绿色水浸状斑，迅速变褐软腐，潮湿天气，表面长出稀疏白色霉层，干燥后形成暗褐色僵果，残留在枝上。
　　防治方法：可采取选育抗病品种、做好田园清洁、减少侵染源，以及加强栽培管理等措施。由于疫病流行速度快，生长季应做好发生和流行的预测预报，并及时喷药控制蔓延。药剂中铜制剂、口恶霜嘧铜菌酯、有机硫剂、有机氯剂等是较好的保护剂；乙磷铝、瑞多霉、嘧啶核苷类抗菌素、口恶霜菌酯、嘧菌酯百菌清是较好的内吸治疗剂。
　　三、灰霉病引起的烂果：灰霉病以门椒、对椒发病较多，在幼果顶部或蒂部出现褐色水渍状病斑，后凹陷腐烂，呈暗褐色，表面出现灰色霉层。
　　防治方法：1.加强栽培管理，避免阴雨天浇水，发病后控制浇水和施肥，集中处理病果、病叶，注意农事操作卫生。2.药剂防治：抓住移栽前、开花期、果实膨大期三个时期用药。3.生物防治：与发病前或发病初期使用3亿CFU/克哈茨木霉菌叶部型300倍对水喷雾，每隔5～7天喷施一次。发病重时可以减小施药间隔。
　　四、菌核病引起的烂果：果实染病，往往从脐部开始呈水渍状湿腐，逐步向果蒂扩展至整果腐烂，湿度大时果表长出白色菌丝团。
　　防治方法：着重加强栽培管理，清除越冬菌源，选用抗病品种，辅以药剂防治。
　　五、炭疽病引起的落果：接近成熟时易染病。初呈水渍状黄褐色圆斑，中央灰褐色，上有稍隆起的同心轮纹，常密生小黑点。潮湿时，病斑表面常溢出红色粘稠物；干燥时，病部干缩成膜状，易破裂露出种子。
　　防治方法：1.药剂防治：发病初期可选用药剂隔7～10天喷一次，连续喷2～3次。2.选用无菌种子及种子处理：从无病果实采收种子，作为播种材料。如种子有带菌嫌疑，可用用浓度为1000mg/kg的70%代森锰锌或50%多菌灵药液浸泡2h，进行种子处理。3.加强栽培管理：合理密植，使辣椒封行后行间不郁蔽，果实不暴露；避免连作，发病严重地区应与瓜类和豆类蔬菜轮作2～3年；适当增施磷、钾肥，促使植株生长健壮，提高抗病力；低湿地种植要做好开沟排水工作，防止田间积水，以减轻发病；及时采果，椒炭疽病菌为弱寄生菌，成熟衰老的、受伤的果实易发病，及时采果可避病。4.清洁田园：果实采收后，清除田间遗留的病果及病残体，集中烧毁或深埋，并进行一次深耕，将表层带菌土壤翻至深层，促使病菌死亡。可减少初侵染源、控制病害的流行。